合同违约金不需要扣除个人所得税。
《个人所得税法》第二条的规定，应税所得包括以下11类：工资、薪金所得;个体工商户的生产、经营所得;对企事业单位的承包经营、承租经营所得;劳务报酬所得;稿酬所得;特许权使用费所得;利息、股息、红利所得;财产租赁所得;财产转让所得;偶然所得;经国务院财政部门确定征税的其他所得。
个人(自然人)因对方违反经济合同而取得的违约金，属于经济或财产损失的补偿性收入，因此，对该项收入不征收个人所得税。
找法网提醒您，个人转让股权缴纳个人所得税的方式如下：
1.个人转让股权的所得属于财产转让所得项目，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，按20%税率缴纳个人所得税，按次征收；
2.股权转让所得应缴纳的个人所得税是股权转让收入减去取得股权所支付的金额并减去转让过程中所支付的相关合理费用后的20%。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
1.省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金;
2.国债和国家发行的金融债券利息;
3.按照国家统一规定发给的补贴、津贴;
4.福利费、抚恤金、救济金;
5.保险赔款;
6.军人的转业费、复员费;
7.按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费;
8.依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得;
9.中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得。
