犯罪嫌疑人不承认犯罪事实的处理办法如下：
1.如果有足够证据证明犯罪嫌疑人构成犯罪的，即使没有犯罪嫌疑人的口供，仍应追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
2.如果侦查证据不足于证明犯罪嫌疑人构成犯罪的，则根据疑罪从无的原则，不能追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
3.如果有足够的证据证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，犯罪嫌疑人不承认其罪行，会被认为是认罪态度恶劣，是不利于犯罪嫌疑人的。人民法院可以通过自己的职能活动，查明犯罪事实，根据我国《刑法》规定确认行为的犯罪性。
犯罪嫌疑人在看守所最多呆多久，不同的阶段，有不同的法律规定，理论上，经全国人大批准，是没有时间限制的，但我国目前以来，尚无先例。
因此，下面仅以最常见的犯罪嫌疑人被刑事拘留为例讲述，刑事拘留及批准逮捕：一般14天，最长37天。
《刑事诉讼法》第九十一条规定，公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。
在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。
犯罪嫌疑人不一定会有案底。找法网提醒您，案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
