起诉公司公司注销了处理方式是以该企业法人的股东、发起人或者出资人为被告再次起诉。根据法律的规定，企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。
注销公司流程如下：
1.在公司清算期间即可登报公示，需要在当地工商局认可的报纸进行登报；
2.领取《社保注销通知单》注销社保；
3.向原税务登记机关申请办理税务注销，先注销国税，再注销地税；
4.到工商局办理公司注销备案；
5.注销银行账户；
6.注销印章等流程。
找法网提醒，公司注销所需时间，一般需要2-3个月的时间，工商和税务的流程可以同时进行，首先工商局需要先过去备案注销，然后登报，45天后才能提交正式的注销资料过去，审批需要一周的时间。税务的话如果没有国税可以直接注销地税，时间也要15-20天的样子，如果有国税的话先要注销国税再注销地税。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
