协议盖公章有法律效力的。
根据《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
公章与合同章的区别是合同章是专门用于订立合同的印章，而公章是能代表公司的合同主体资格和表明公司身份的印章，往往具有更高的效力。订立合同时，一般自当事人均盖章后，合同就成立。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
公章可以代替合同专用章，但是合同专用章不能代替公章。公章一般指的是单位或者企业组织使用的印章，是单位身份和权力的代表。合同专用章是依法刻制的，在相应业务领域内具有法律效力，但是合同专用章的效力要低于公章的效力。
