劳动合同支付违约金合法。
在劳动合同中，允许就劳动者进行专项培训服务期事项和禁业限制事项约定违约金，但除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担的违约金。
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
找法网提醒您，劳动合同违约金上限是：违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
对于违反约定的违约金，法律有如下规定：劳动者违反竞业限制约定的，应当向用人单位支付违约金，其数额不得超过用人单位向劳动者支付的竞业限制经济补偿的三倍。
找法网提醒您，劳动合同的违约金和赔偿金是有区别的。违约金一般是劳动者在违法服务期约定或者竞业限制约定时支付给单位的；而赔偿金一般是用人单位在违法解除或者终止劳动合同时支付给劳动者的。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条
除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
