公司和员工签的协议有效，合法，如果是依法订立的，是合法的。公司需要均具有相应的民事行为能力、意思表示真实合法，并且协议不损害国家的、集体的、他人的合法权益，不违背公序良俗和公司章程的，就是合法有效的。
协议书不是本人签字可能有法律效力。需要根据不同的情况而定，如果本人不知情的或者未授权的，则不是本人签字的无效；找法网提醒您，如果是获得本人授权的，被授权人具有委托代理协议或代理证明的，不是本人签字也有效。
《中华人民共和国民法典》第一百六十二条规定，代理人在代理权限内以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。
第一百七十二条，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
协议只有签名没按手印是有效的。
《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
