公司债务纠纷该的处理为：
协商、调解、仲裁、起诉等。
1.合同中约定了赔偿责任的，可以按合同约定的方式处理；
2.双方无法达成一致的，可以请求相关机构进行调解；
3.合同中有仲裁条款的，可以向仲裁机构申请仲裁；
4.以上方式无法解决纠纷的，可以向人民法院起诉。
找法网提醒您，债务纠纷官司案件的受理费根据诉讼请求的金额或者价款，按比例分段累计交纳：
1.不超过1万元的，每件交纳50元;超过1万至10万部分按照2.5%;
2.超过10万至20万部分按照2%;超过20万至50万部分按照1.5%;
3.超过50万至100万部分按照1%;超过100万至200万部分按照0.9%;
4.超过200万至500万部分按照0.8%;
5.超过500万至1000万部分按照0.7%;
6.超过1000万至2000万部分按照0.6%;
7.超过2000万部分按照0.5%交纳。
一审案件受理费由原告预交，二审案件受理费由上诉人预交，审理终结时由败诉方全部或者按比例负担。
1.及时起诉，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间多为3年，从知道或应当知道权利被侵害时起计算。
2.证据效力，调解过程中对事实的承认，不得在其后的诉讼中作为对其不利的证据。
3.财产保全，一方行为或其他原因可能导致判决难以执行或造成其他损害，法院可基于另一方申请或自行裁定，采取保全措施。
4.继续履行，法院采取强制措施后，被执行人仍不能偿债的，应承担继续履行义务，债权人发现执行人有其他财产的，可随时请求法院执行。
《民法典》第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百八十九条 【分期履行债务的诉讼时效】当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
第一百九十条 【对法定代理人请求权的诉讼时效】无民事行为能力人或者限制民事行为能力人对其法定代理人的请求权的诉讼时效期间，自该法定代理终止之日起计算。
