员工加班费的计算方法：
1.安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
2.休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
3.法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
加班工资要扣税，加班工资属于员工正常的薪资，找法网提醒您，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。
《个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
公司不发加班费的解决办法有：
1.协商。与用人单位进行协商解决，一般来说，如果单位不愿支付，协商无法取得效果的。
2.调解。有权调解的部门有单位的劳动争议仲裁委员会、人民调解组织、行业性、地域性调解组织。尽管去年的司法解释规定调解协议也具有法律效力，但是，如同协商一样，如果单位不愿支付，调解无法取得效果。
3.投诉。向用人单位所在地的劳动监察部门进行举报，由劳动监察部门进行处理。劳动监察部门在调查有关事实的基础上，可以责令用人单位支付工资。劳动监察部门查处案件的时限一般不超过60日，特殊情况可以延长30日。
4.劳动仲裁、诉讼。向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，劳动争议仲裁委员会应当自受理之日起60日内审理终结。对于仲裁裁决不服的，可以在收到裁决书之日起15日内向有管辖权的法院提起诉讼，诉讼按照民事诉讼程序，实行两审终审制。
