日本自由行签证的办理方式如下：
1. 签证申请者确定赴日目的并拟定行程计划。
2. 登陆日本驻华使领馆官方网站，浏览有关签证申请信息和签证所需材料，下载签证申请表。
3. 选择代理机构办理签证申请，准备签证材料，缴纳签证费和签证服务费。
4. 等候签证申请审核或补充资料。
5. 领取签证。拿到签证后，应及时仔细核对签证上的各项信息是否正确，尤其是签证有效期的起止时间及停留天数是否与所申请的相符，签证上的个人信息如姓名拼写是否正确，如发现任何错误，应及时与使领馆联系。
找法网提醒您，办签证要去市公安局出入境管理处办理。
法律依据：根据《中华人民共和国出境入境管理法》第四条公安部、外交部按照各自职责负责有关出境入境事务的管理。
中华人民共和国驻外使馆、领馆或者外交部委托的其他驻外机构(以下称驻外签证机关)负责在境外签发外国人入境签证。出入境边防检查机关负责实施出境入境边防检查。县级以上地方人民政府公安机关及其出入境管理机构负责外国人停留居留管理。
公安部、外交部可以在各自职责范围内委托县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构、县级以上地方人民政府外事部门受理外国人入境、停留居留申请。
公安部、外交部在出境入境事务管理中，应当加强沟通配合，并与国务院有关部门密切合作，按照各自职责分工，依法行使职权，承担责任。
签证的种类主要有外交签证、公务签证和普通签证三种。即持有外交护照的发给外交签证；持有公务护照的发给公务签证；持有普通护照的发给普通签证。出国签证有效期一般是3个月、6个月或者其他时间，具体与签证类型有关，比如十年签；签证在入境国、地逗留时间与签证类型有关，一般旅游签是7天、14天、30天、59天不等。
