征收基本农田的批准机关应该是由国务院批准的。法律规定了国务院批准基本农田、基本农田以外的超过三十五公顷的土地以及其他土地超过七十公顷的情形。基本农田受到严格保护，所以批准机关也要求最高行政机关。
土地征收补偿费不需要交个人所得税。被征收人取得的征地补偿是政府征收部门自身或者委托征收实施单位按照国家统一规定发给的安置补贴，依法免征个人所得税。
《个人所得税法》第四条
下列各项个人所得，免征个人所得税：
（一）省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
（二）国债和国家发行的金融债券利息；
（三）按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
（四）福利费、抚恤金、救济金；
（五）保险赔款；
（六）军人的转业费、复员费、退役金；
（七）按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费；
（八）依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
（九）中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
（十）国务院规定的其他免税所得。
找法网提醒您，政府集体土地房屋征收流程如下：
1.征地方案被批准后，县级以上地方人民政府进行公告；
2.公告涉及房屋补偿。土地补偿等事项，且公告至少三十天；
3.进行补偿登记；
4.签订补偿协议；
5.双方履行协议。
