运输合同纠纷能追究挂靠单位责任。如果运输合同是与被挂靠单位签订的，货物由挂靠人运输的，产生运输合同纠纷时，可以追究挂靠单位的责任。
第八百二十五条 【托运人如实申报义务】托运人办理货物运输，应当向承运人准确表明收货人的姓名、名称或者凭指示的收货人，货物的名称、性质、重量、数量，收货地点等有关货物运输的必要情况。
因托运人申报不实或者遗漏重要情况，造成承运人损失的，托运人应当承担赔偿责任。
第一千二百一十一条 【挂靠机动车侵权责任】以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。
运输合同纠纷诉讼时效是三年，法律另有规定的，依照其规定。
根据《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起起算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
找法网提醒您，运输合同有如下类型：
1.根据运输对象的不同，运输合同可分为客运合同和货运合同。
2.根据运输方式的不同，运输合同可分为单一运输合同和多式联运合同。
3.根据运输工具的不同，运输合同可分为铁路运输合同、公路运输合同、水路运输合同、航空运输合同以及管道运输合同。
4.根据运送对象，运输合同可以分为旅客运输合同和货物运输合同两类。旅客运输合同是指把旅客作为运送对象的合同。
