有限责任公司进行清算程序是如下：
1.除公司合并、分立外的解散公司事由发生后，十五日内成立清算组；
2.通知债权人申报债权，并制定清算方案，清算相关债务；
3.清算结束后，申请注销公司登记。
法律依据：根据《公司法》第一百八十三条规定，公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
公司清算破产赔偿员工的方式是如下：
1.按规定给予员工解除合同补偿金，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；
2.不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
按《中华人民共和国劳动合同法实施条例》规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满十二个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。
公司清算可以撤销。找法网提示您，首先明确若是单纯指清算，是指非因破产原因而在破产程序之外进行的清算，即公司的解散清算。若公司已经成立清算组进行清算，若想撤销，股东（大）会可以以决议形式中止清算，解散已成立的公司清算组，公司继续存续，但应以存续的公司仍具备法定条件为前提，并申请撤销清算组备案。
