工程审计的职责主要内容如下：
1.审查决算资料的完整性。
2.竣工财务决算报表和说明书完整性、真实性审计。
3.各项建设投资支出的真实性、合规性审计。包括建安工程投资审计;设备投资审计;待摊投资列支的审计;其他投资支出的审计;待核销基建支出的审计;转出投资审计。
4.建设工程竣工结算的真实性、合规性审计。包括约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项是否规范。
5.概算执行情况审计。包括：实际完成投资总额的真实合规性审计。
6.交付使用资产真实性、完整性审计。包括：是否符合交付使用条件。
7.结余资金及基建收入审计。包括：结余资金管理是否规范，有无小金库。
8.尾工工程审计。包括：未完工程工程量的真实性和预留投资金额的真实性。
建设工程审计的风险及防范如下：
1.加强基建审计的规章制度建设。对相关审计工作的规章制度进行完善，为招投标监管的工作给予制度保障。
2.更新基建审计方法，保证审计质量。基建审计部门要不断更新审计方法和手段以适应形势需要，提高基建审计工作的水平和质量，使审计工作在基建工程中发挥更大的作用。
3.搭建基建审计平台。在基建工程招投标的过程中，招投标主管部门要对招标信息、招标条件和公告进行控制，并通过招投标办公室进行组织协调，对合同的履行状况、相关人员的到位情况、项目经理的任职情况进行监督，并把工作重点放在招标文件的审核、投标保证金的收缴、资格的预审和开标、评标、定标的现场监督上。
建设工程审计期限是以双方签订的合同约定为准，合同中约定的时间要求具有法律效力，找法网提醒您，根据财政部建设部印发关于《建设工程价款结算暂行办法》规定，单项工程竣工后，承包人应在提交竣工验收报告的同时，向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，发包人应按以下规定时限进行核对(审查)并提出审查意见。
