要分居两年离婚的方式只有两种：去民政部门登记离婚和去法院提起诉讼离婚，所以分居两年所要采取的离婚方式也只有协议离婚或者诉讼离婚。如果采取协议离婚，那就比较简单，要离婚的夫妻双方直接去民政局进行离婚登记即可。如果采取诉讼离婚，分居可以作为夫妻感情破裂的一个证据，这样叛离的可能性比较大。根据我国婚姻法的相关规定，夫妻因感情不和分居满二年，经调解无效的，可作为夫妻感情确已破裂依法判决离婚的条件。
1.办理机关不同。协议离婚办理机关为婚姻登记部门；诉讼离婚办理机关为法院。
2.申请主体不同。协议离婚的申请主体是夫妻双方；诉讼离婚的申请主体为夫妻一方。
3.时间不同。诉讼离婚的期限为简易程序3个月，普通程序6个月。协议离婚的期限为双方经历30天的离婚冷静期后的30天内。
协议离婚从申请离婚登记到申请发给离婚证，需要三十一天。
找法网提醒您，《民法典》第一千零七十七条自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证;未申请的，视为撤回离婚登记申请。自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证;未申请的，视为撤回离婚登记申请。
