借款合同未付余款的处理方式如下：
1.双方可以协商处理，签订还款协议，确定还款时间、金额、利息、违约责任等相关事宜，让对方分期还款，慢慢收回款项。
2.假如借贷双方协商解决不了的，可以通过向法院提起诉讼，要求对方还款付息及承担相应违约责任。
签订借款合同约定违约金根据双方自愿协议确定写的，一般按照借款数额的20%设定，找法网提醒，一般不超过实际损失的30%，违约金过高或过低可以请求法院给予减少或者增加。
借款合同纠纷时效是三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，借款合同的当事人约定债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
