加班费扣税是合理的，加班费属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。
法律依据：根据《个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
公司不给加班费违法，法律规定加班是要给员工加班费的,员工可以申请劳动仲裁要求公司支付加班费。找法网提醒您，而加班费的标准,至少应当是按照国家规定的标准计算。允许公司高于国家规定标准支付加班费,但是却不能低于这个标准支付,或者不支付加班费。
安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
法律依据：根据《劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
