公司主体变更劳动合同的处理如下：
1.员工辞职与第三方企业签定新的劳动合同。第三方企业在发给员工的要约中必须明确规定，只有员工向原企业提出辞职，要约才能生效；
2.企业与员工协商终止劳动合同。找法网提醒您，为此企业可以签订协议，约定由第三方企业负担向员工支付的经济补偿金；
3.三方协商转让，约定由第三方企业承继原企业在劳动合同项下的权利义务，但第三方企业可以与员工进行协商变更。
劳动合同变更有补偿的情形为合同未到期，单位单方提出变更劳动合同，劳动者不同意，单位以此解除劳动合同。这种情形属于用人单位违法解除劳动合同，劳动者可以依法获得经济补偿和赔偿金。
法律依据：
《劳动合同法》第三十五条 用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
第八十七条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
劳动合同变更一般遵循坚持平等自愿、协商一致的原则。劳动合同关系，是通过劳动者与用人单位协商一致而形成的，其变更当然应当通过双方协商一致才能进行。劳动合同允许变更，但不允许单方变更，任何单方变更劳动合同的行为都是无效的。
法律依据：
《劳动合同法》第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
第三十三条 用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
第三十四条 用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
