年终奖扣税两种方式如下：
1.取得年终奖金当月个人的工资高于（或等于）费用扣除额（5000元）的，将年终奖金除以12个月，按照得出的数额找出所对应的税率和速算扣除数，然后用奖金全额×税率-速算扣除数，就是最终需要缴纳的税款额。
2.取得年终奖金当月个人的工资低于费用扣除额（5000元）的，将工资与年终奖金相加后，减去5000元，得出的数额，再除以12个月，找出对应的税率和速算扣除数，然后用这一数额×税率-速算扣除数，得出需要缴纳的税款额。
年度平均工资算年终奖金。《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。
年终奖的发放有如下意义：
1.体现公司年度业绩状况。这样做的优点是可以鼓励员工更关心公司的利益，稳定员工队伍，建立其员工与企业的利益共同体。
2.体现员工年度工作业绩。通过对员工进行一定程序的年终评估，然后以此为标准发放年终奖，这种规范的考核方式比较容易做到公正公平、赏罚分明，能减少由年终奖分配引发的种种矛盾和问题。
找法网提醒，年终奖的发放要与年初业绩和激励计划保持一致。体现企业对于员工的承诺和责任。
