公司申请破产保护的流程是：
1.破产申请根由债权人或债务人自向法院申请破产。
2.法院裁定受理人民法院依法裁定并宣告企业破产。
3.成立清算组企业进入破产程序后，由人民法院自宣告之日起15日内成立清算组，清算组由人民法院与同级人民政府协商指定，由相关人员包括律师、会计师等专业人员组成。
4.破产企业的全面接管清算组正式成立。
5.审计、评估审计、评估机构对企业财务进行审计，对企业资产进行评估，以确定企业的资产负债率和企业的财产价值，为下一步的财产处置提供依据。
6.破产财产的清理、清算。
7.召开债权人会议由于公司破产清算。
8.注销原破产企业登记，提请法院终结破产程序，清算组正式撤消。
公司申请破产一般不需要查账。企业应当在规定的期限内，依法向人民法院申报税收债权，参加破产清算，一般不因破产清算而进行税务检查。需要注意的是，如果公司之前账目存在问题，或者某时间段没有完税，那么不予注销，并且会查账，经公司地方税务部门清算完后，才可以另立账目，从新计算。
根据《中华人民共和国企业破产法》第三条第一款规定，申请公司破产必须具备两个条件：
1.企业必须是经营上的严重亏损。
2.企业不能清偿到期债务。
严重亏损，无力清偿到期债务的企业，由其债权人或债务人向企业所在地法院提交破产申请。
另外，如果企业具备了企业破产条件，其要进入破产程序还必须由人民法院依法裁定并宣告其破产，这样企业才正式进入破产程序。
找法网提醒，如果企业有下列情形之一的，不予宣告破产：
1.政府有关部门、有关金融机构、企业、团体、个人给予债务人资助或帮助债务人清偿债务的；
2.取得担保，自破产申请之日起6个月内能清偿债务的。
