总公司撤销分公司分公司不配合，可以去工商局说明情况，直接撤销该分公司。但有一点需注意：因分公司是没有法人资格的，所以他们以公司名义做出的经营后果你们公司都需负责。《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十四条规定，公司撤销分公司的，应当自撤销决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关核准注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。
分公司注销流程如下：
1.持分公司营业执照副本，到工商登记窗口领取分公司注销登记申请书并且根据规定填写共同委托代理人或指定代表的证明。
2.准备好办理注销登记的材料。因为分公司是不具备法人资格的，所以注销登记材料需要由所属公司作出决定并签署准备出具相关材料。材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明“与原件一致”并由公司加盖公章。
3.材料准备完成后，向工商登记机关提交整套材料。找法网提醒您，在提交材料合法、齐全、有效的前提下，注销登记2个工作日内完成。
4.分公司注销登记经工商登记机关核准后，分公司需要带着分公司注销登记核准通知书到公司登记机关进行分公司撤销备案。
签合同不可以盖分公司的公章，应当盖总公司的章。分公司不是法律上的独立主体，法律责任仍由总公司来承担。只有分公司公章的，最终责任仍由总公司承担；有分公司又有总公司公章的，最终责任由总公司承担。但在执行案件中，分公司有独立财产的，优先执行分公司的财产。在分公司财产不足时，才由总公司承担责任。所以在执行案件中分公司有独立的财产主体资格。
