处理运输合同纠纷的基本原则：
1.归责原则：
承运人承担货物损害赔偿责任不以主观上是否存在过错为要件，而仅以货物在运输过程中发生毁损、灭失为要件，采取严格责任原则。承运人证造成的，不承担损明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错害赔偿责任。
2.举证责任：
托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任；承运人对《民法典》规定的免责事由承担举证责任。
1.协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。
2.调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。
3.仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
运输合同包括客运合同、货运合同、多式联运合同三种。运输合同属于有偿合同、双务合同，且运输合同大多是格式条款合同。
找法网提醒您，根据《民法典》第四百九十六条规定，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
