农村房产证丢失去房屋管理部门申请补办。房屋产权人持本人有效身份证件到房屋档案馆填写补证申请及保证书，复印档案中的房屋图纸文件，档案馆开具“房屋权属查询证明”，在报纸上刊登遗失声明，到房管局申请办理补证，等待出证。
农村房屋确权登记发放详细流程如下：
1.申报
拥有宅基地土地使用权人的，到乡政府去申领“农村宅基地使用权申报登记表”，然后由调查组负责收集申报材料上交土地管理部门对权属进行审核。
2.权属调查
国土部门根据土地使用权人的申请，对宅基地上进行实地调查，经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表。
3.审核与公告
经县政府部门审核，对认为符合登记要求的宗地进行公告。
4.审批
公告期满，土地权利者及其他土地权益有关者对土地登记审核结果未提出异议的，在农村宅基地使用权登记审批表上签署同意登记发证的意见，由市（县）人民政府领导签章，并加盖市（县）人民政府土地登记专用章。
5.登记注册
农村房屋确认纠纷的解决方式协商解决、人民政府调解、向人民法院起诉三种途径。《土地管理法》第十四条规定，就土地所有权和使用权的归属发生争议的，应由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定之日起三十日内，向人民法院起诉。找法网提醒您，根据这一条规定的内容，人民法院的处理是向人民法院起诉的前置程序，也是必经程序。
