运输合同纠纷处理的方法有如下几种：
1.协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。
2.调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解。找法网提醒，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3.仲裁
根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
运输合同根据运送对象的分类标准，可以分为旅客运输合同和货物运输合同两类。旅客运输合同是指承运人与旅客签订的由承运人将旅客及其行李运输到目的地而由旅客支付票款的合同。货物运输合同是指承运人按照合同的约定将承运货物运送到指定地点，托运人支付相应报酬的合同。
运输合同有如下特征：
1.运输合同主体的复杂性
运输合同的主体与一般合同主体不同，具有其特殊性和复杂性，这是由运输合同的特点所决定的。运输合同的主体包括承运人、旅客、托运人和收货人。
2.运输合同标的特殊性
运输合同的客体是承运人运送旅客或者货物的劳务行为而不是旅客和货物。
3.运输合同格式的标准性
运输合同涉及的范围比较广，为简便手续，各国基本上都采取标准格式合同。
