食品安全检查中商标侵权问题的处罚有：
1.停止侵害;
2.排除妨碍;
3.消除危险;
4.返还财产;
5.恢复原状;
6.修理、重作、更换;
7.赔偿损失;
8.支付违约金;
9.消除影响、恢复名誉;
10.赔礼道歉。
人民法院审理民事案件，除适用上述规定外，还可以予以训诫、责令具结悔过、收缴进行非法活动的财物和非法所得，并可以依照法律规定处以罚款、拘留。
判断商标侵权主要有以下几种标准：
1.未经商标注册人的许可，在同一种商品或者类似商品上使用与注册商标相同或者近似的商标的行为；
2.销售侵犯注册商标专用权的商品的行为；
3.伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的行为；
4.未经商标注册人的同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的行为。
找法网提醒您，商标侵权可以从以下几个方面进行抗辩：
1.从证据角度无法达到证明被告侵权的事实，这需要从证据的三性出发结合具体证据进行审查。
2.非商标性使用抗辩，商标的作用在于识别商品或服务的来源，专用权的保护就在于保护该标识性，如果原告的使用行为并不属于商标性使用、无法产生标识作用，从商标作用、目的的角度讲并不构成侵权。
3.在先使用抗辩，根据商标法第五十九条的规定，商标注册人申请商标注册前，他人已经在同一种商品或者类似商品上先于商标注册人使用与注册商标相同或者近似并有一定影响的商标的，注册商标专用权人无权禁止该使用人在原使用范围内继续使用该商标，但可以要求其附加适当区别标识。
4.混淆标准是判断是否构成商标侵权的根本原则，即回归市场主体普通消费者的角度判断是否会将涉案商标与被诉侵权产品的标识产生混淆误认，需要结合具体商标，从字体、读音、习惯、大小、显著性等等角度进行综合抗辩。
