施工合同补充协议效力的认定要从以下几个方面来讨论：
1.补充协议是否具备下列条件，只有同时具备下列条件的协议才是有效的：
（1）行为人具有相应的民事行为能力；
（2）意思表示真实；
（3）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
2.补充协议与主合同的内容冲突时，补充合同的效力优于主合同的效力。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”找法网提醒，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
建设工程施工合同有如下特征：
1.须遵守国家的法律和政策。
2.签订建设工程施工合同必须具备以下基本条件：工程的初步设计和总概算已经批准;工程所需的投资和统配物资已经列入国家计划;当事人双方均具有法人资格;当事人双方均具有履行合同的能力;
3.建设工程施工合同的主体具有连带的经济权利和经济义务关系;
4.建设工程施工合同的承包人必须是经国家主管部门审查、核定、批准的专业施工企业，具有法人资格。
施工合同被确认无效后，损失的赔偿范围应当以实际损失为原则。如果实际损失难以确定的，可以参照合同约定的质量标准，建设工期，工程价款支付时间等内容确定损失大小。当主张损害赔偿责任时，谁主张谁应当举证。找法网提醒，合同被确定无效后，可以主张的是缔约过失责任，而非违约责任，因为合同被确认无效后，双方之间已经不存在债权债务等合同关系。
