停业整顿和责令停产停业的区别有：
1.法律性质不同
责令停产停业属于《中华人民共和国行政处罚法》明文列举的法定处罚种类之一在法律性质上属于行政处罚。责令停业整顿的法律性质究竟属于行政处罚还是行政措施，长期以来存在较大争议。找法网提醒，国家烟草专卖局在《国家烟草专卖局办公室关于行政处罚权力有关事项的批复》中对此进行了明确，将责令暂停烟草专卖业务、进行整顿认定为《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》赋予烟草专卖许可证发证机关的一项行政管理措施。
2.适用范围不同
从时限上讲，责令停产停业与责令停业整顿虽然同属在一定期限内中止行政许可的效力，但在适用范围上却有着较大区别。责令停产停业适用于被许可人全部被许可生产经营活动的暂时性中止，而责令停业整顿仅适用于烟草专卖业务一项，并不涉及其他被许可事项。因此，就适用范围来说，责令停业整顿要比责令停产停业的适用范围窄。
3.法律后果不同
从法律后果上看，责令停产停业的处罚决定具有终局性。被许可人在责令停产停业期限届满后，自动恢复行政许可资格，不需再重新申请相关行政许可。但与责令停产停业不同的是，责令停业整顿的处理决定不具有终局性效力，即被许可人在停业整顿期满后并非必然自动恢复行政许可资格。按照现行烟草专卖法律规定，被许可人在停业整顿期间应当积极进行整改，消除引起停业整顿的法律事由和因素，整顿期满后，发证机关视其整改情况决定恢复其营业或者取消其从事烟草专卖业务的资格。因此，从法律后果上讲，责令停业整顿的法律后果具有不确定性。
责令停产停业属于行政处罚。
《行政处罚法》第八条规定，行政处罚的种类：
(一)警告;
(二)罚款;
(三)没收违法所得、没收非法财物;
(四)责令停产停业;
(五)暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照;
(六)行政拘留;
(七)法律、行政法规规定的其他行政处罚。
责令停产停业具有以下特点：
1.限制和剥夺公民、法人或其他组织行为能力的一种行政处罚，其要求受处罚人停止正在进行的生产经营及各种业务活动，与罚款、没收等财产罚不同，它限制和剥夺的是受处罚人的行为能力，是行为罚的一种。
2.要求公民、法人或其他组织履行不作为义务的一种行政处罚。也就是说，受到该种处罚的人负有不作为的义务，即不得继续从事生产经营活动。
3.通常附有期限要求，要求受处罚人在一定期限内纠正违法行为，如此方可恢复其生产和经营。
