1.犯罪主体不同
工程重大安全事故罪的犯罪主体是建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位，属于单位犯罪；重大责任事故罪的主体是工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企业、事业单位的职工，属于自然人犯罪。
2.客观方面的表现不同
工程重大安全事故罪在客观方面表现为违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的行为；重大责任事故罪则表现为不服从管理、违反规章制度或者强令工人违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为。
工程重大安全事故罪的主观要件即行为人在主观方面表现为过失。可以是出于疏忽大意的过失，也可以是过于自信的过失。这里所说的过失，是指行为人对其所造成的危害结果的心理状态而言。找法网提醒，对行为人违反国家规定来说，有时却是明知故犯的。行为人明知是违反了国家规定，应当预见到可能发生严重后果，但因疏忽大意而没有预见，或者已经预见到会发生某种严重后果，但轻信能够避免，以致发生了严重后果。
工程重大安全事故罪的立案标准有明确的法律规定，即《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第十三条，[工程重大安全事故案]建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）造成死亡一人以上，或者重伤三人以上；
（二）造成直接经济损失五十万元以上的；
（三）其他造成严重后果的情形。
