转让商铺协议书的书写应当注意包含以下内容：转让人、受让人的姓名、住所等基本情况。转移商店的具体位置、面积和现状。对转店的考虑。支付对价的时间和方法。商店交货和转移的时间；违约责任。争议解决；双方都认为有必要。签字和签字日期。商铺属于不动产，该不动产的产权转让自登记之日起具有法律效力。因此正式签订合同或转让方交付商铺，并不意味着受让方取得商铺的产权。转让登记完成，受让方领取产权证后，才能正式取得该商铺的产权。
转让商铺协议书纠纷的处理有以下几种方式：
1.协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2.调解
合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3.仲裁
找法网提醒，如果合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议的才可以向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以向人民法院起诉。
转让商铺协议书纠纷不属于专属管辖。《中国人民最高法院关于适用的解释》第二十八条规定专属管辖权是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。因此商铺买卖合同纠纷不属于专属管辖。
