商标使用费和加盟费有区别。
商标使用费是指企业提供商标权的使用权取得的收入，应按照合同约定的商品权使用人应付商品权使用费的日期确认收入的实现。品牌加盟费是品牌拥有者向加盟商收取的费用，加盟费按照约定，可以退还，或者可以换成广告费之类的。
商标使用费不能税前扣除。
企业内营业机构之间支付的特许权使用费，不得在税前扣除。由于企业所得税法采取法人所得税，企业分支机构属于企业总机构的组成部分，不是一个对外独立的实体，不能成为独立的企业所得税纳税人，应由企业总机构统一代表来进行汇总纳税。
找法网提醒，在实际经营过程中，企业出于管理和生产经营等因素的需要，可能采取相对独立的内部分支机构管理，分支机构在企业总机构内部具有相对独立的资产、经营范围等，这就可能使这些分支机构之间可能发生类似于独立企业之间进行所谓提供经营管理服务，如支付商标使用费。但企业内部分支机构之间进行的这类业务活动属于内部业务活动，在缴纳企业所得税时，由于他们不是独立的企业所得税纳税人，需由企业汇总纳税，所以对于这些内部业务往来所产生的费用，均不计入收入和作为费用扣除。
商标使用费属于特许权使用费之一。商标权是单一性质的法定权利，是指经依法注册商标的所有权人支配其注册商标并禁止他人侵害的非他性权利，包括商标权人对其注册商标的排他使用权、收益权、处分权、续展权和禁止他人侵害的权利等。
