自然人股权转让流程如下：
1.领取《公司变更登记申请表》(工商局办证大厅窗口领取)；
2.变更营业执照(填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理)；
3.变更组织机构代码证(填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理)；
4.变更税务登记证(拿着税务变更通知单到税务局办理)；
5.变更银行信息(拿着银行变更通知单基本户开户银行办理)。
自然人转让股权需要缴纳的税主要有：
1.印花税。税率按产权转移书据税目的万分之五，计税依据为双方书立的合同金额。
2.个人所得税。税率是固定的20%，重要的是要准确计算应纳税所得额。个人转让股权的应纳税所得额为：股权转让价-股权取得初始成本-与转让股权相关的合理费用(如前文缴纳的印花税，以及可能发生的公证费。)
找法网提醒，有些纳税人企图通过双方协商，签订低价合同以达到避税目的，这不是合理避税，这是偷逃税，是违法行为;况且也不可能得逞，低价转让股权必须符合法定情形。否则，税务机关将按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定股权转让收入。税法还规定对偷逃税款处50%至五倍罚款。
自然人股权转让行为需要评估，转让方需要按财产转让所得计征个人所得税。即：以转让股权的收入额减除原值和合理费用后的余额，适用百分之二十的比例税率，计算缴纳个人所得税。但是，如果转让方以原价转让的，不交个人所得税。
