超过诉讼时效的案件法院的处理是法院会受理，超过诉讼时效的案件，如果符合立案条件的，法院一定要受理立案，在被告没有提出诉讼时效抗辩的情况下，法院会依据所查明的事实来作出裁决。对方当事人提出诉讼时效抗辩，人民法院经审理认为抗辩事由成立的，判决驳回原告的诉讼请求。
找法网提醒，诉讼时效期间届满，当事人一方向对方当事人作出同意履行义务的意思表示或者自愿履行义务后，又以诉讼时效期间届满为由进行抗辩的，人民法院不予支持。
一般经过三年算超过诉讼时效，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
1.争取债务人自愿还款。超过诉讼时效后如果债务人自愿履行债务，债权人便可接受债务人的清偿而使债权得到满足;债务人在清偿债务后，不得以债权已过诉讼时效为由，要求债权人返还财产。但找法网提醒，当债务人偿还部分债务后又停止履行债务，意味着债务人对此笔债务的认可，债权人有权请求法院强制债务人履行债务。
2.争取债务人与债权人达成还款协议。双方当事人在超过诉讼时效后达成还款协议的，视为对此笔债务的重新确认，债务人的还款意思表示可以导致诉讼时效的重新计算。
3.债务人签收催收通知。
