办理合同备案的部门根据合同的性质有所不同，如办理专利转让合同备案的部门为国家知识产权局专利局在全国设立的代办，如果专利实施许可合同双方涉及外国人、外国企业或组织的，当事人必须到国家知识产权局备案。建筑合同应当向工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。土地使用权租赁合同的备案部门是政府土地管理部门。购房合同的备案部门是商品房所在地的县级以上人民政府房地产开发主管部门和负责土地管理工作的部门。
办理合同备案的办理时限根据合同的性质也有所不同，如建设工程合同要在订立合同７日内到指定的部门备案，购房合同备案的期限为订立合同的三十日内，而专利实施许可合同应当自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案，土地使用权合同租赁备案的期限是签订租赁合同之日起三十日内。
办理合同备案的流程根据合同的性质有所不同，找法网这里以购房合同的网签备案为例：
1.购房者在确定了买房意向之后，经过购房者与出卖人双方的平等协商，购房者和开发商共同将正式的合同条款输入合同备案软件，进行网上签约，上报房地产市场信息网。
2.开发商和购房者签订的购房合同上报成功后，打印正式的(电子)合同，购房者和开发商履行签字手续，打印的份数依据付款方式确定(一次性付款需打印4份，按揭贷款需打印5份)。
3.开发企业需要在网上签约的3个工作日内，到房地产交易管理部门办理合同盖章备案手续。开发商和购房者网上签约上报之后，开发商需要携带全部的购房资料，全套已签字(盖章)的纸质正式合同到具有管辖权的房地产交易管理部门办理合同盖章备案手续。
