工程质量保证金与质量保修金区别是：质量保修金是用于保证工程维修的资金，来源于建设单位的工程款；保证金用于保证施工质量，来源于施工单位，是一种变相的垫资施工行为。
《建设工程质量保证金管理办法》第七条 发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的5%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的5%。
工程质量保证金的扣留方式有：
1.逐次扣留，即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留；
2.一次性扣留，即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。找法网提醒您，在合同双方未有另行约定的情况下，原则上适用第一种方式，即在支付工程进度款时逐次扣留。如果实践中承包人已按合同约定提交履约保证金，不得同时预留工程质保金的规定发生冲突。
工程质量保证金支付手续流程是发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14日内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当在核实后14日内将保证金返还给承包人，逾期支付的，从逾期之日起，按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14日内不予答复，经催告后14日内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。
实践中虽然大部分工程项目的质保金的预留比例未超过5%，工程质保金3%最新规定但对于一些新型或风险较大的项目，发包人还是会预留较大比例的工程质保金，作为其项目的风险控制措施。
