工程款申请流程有：
1.施工单位向工程部提交《工程款支付申请表》（必须经施工单位项目经理签字并加盖印章）。
2.现场工程师核实本次请款的实际完成工程数量及工程质量，并签署《工程款支付申请表》。
3.工程部经理核实工程质量和数量并签署《工程款支付申请表》。
4.工程完工后，由施工单位向预算专员提交电子版的结算书，找法网提醒您，同时提供相应的设计变更、与工程造价相关工作联系单、工程签证单等。
工程款支付申请的材料有：
1.用于工程预付款支付申请时，施工合同中有关规定的说明；
2.在申请工程进度款支付时：已经核准的工程量清单，监理工程师的审核报告、款额计算和其他有关的资料；
3.在申请工程竣工结算款支付时：竣工结算资料、竣工结算协议书；
4.在申请工程变更费用支付时：工程变更单及有关资料；
5.在申请索赔费用支付时：费用索赔审批表及有关资料；
6.合同内项目及合同外项目其他应附的付款凭证。
工程款增值税税率包括营业税、个人所得税、城建税、印花税、教育费附加。
1.营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，税率3%。
2.个人所得税：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%
3.城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7%;纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%;纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1%。
4.教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3%。
5.印花税：按建筑安装工程承包合同金额的 0.3‰ 计算缴纳。
