指令再审是指最高人民法院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民法院对下级人民法院已经发生效力的判决和裁定，如果发现确有错误，可以指令下级人民法院再审从而提起审判监督程序的一种方式。
发回重审是指上级法院对上诉、抗诉案件进行审查，存在程序错误或事实认定错误，指令原审人民法院重新审理的一种方式。
指令再审，是针对已经生效的判决，发回重审，可能是在二审程序中发回重审，可能是再审程序中发回重审。两者的适用对象，适用程序，决定机关都是不一样的。
发回重审是第二审人民法院对不服第一审判决的上诉、抗诉案件在审理后作出的发回原审法院重新审判的处理，在以下情况下可以适用：
第一、第一审法院的审理有违反法律规定的诉讼程序的情形，例如违反回避制度、公开审判规定，剥夺限制当事人的法定诉讼权利，审判组织的组成违法，只有这五种情形下，二审法院才有可能做出发回重审的裁定。
第二、原判决事实不清楚或者证据不足的。因这一理由被发回重审的案件，在重新作出判决后，如果被告人提出上诉或人民检察院提出抗诉的，不可以再次发回重审。
根据最高人民法院《若干意见》的规定，审判监督程序中发回重审的情形包括：
（一）人民法院提审或者按照第二审程序再审的案件，在审理中发现原一、二审判决具有《若干意见》第181条规定的违反法定程序的情况，即审理本案的审判人员、书记员应当回避未回避的，未经开庭审理而作出判决的，适用普通程序审理的案件当事人未经传票传唤而缺席判决的，其他严重违反法定程序的情况，可能影响案件正确判决、裁定的，裁定撤销一、二审判决，发回原审人民法院重审。 （最高人民法院《若干意见》第210条第2款的规定）
（二）依照审判监督程序再审的案件，人民法院发现原一、二审判决遗漏了应当参加的当事人的，可以根据当事人自愿的原则予以调解，调解不成的，裁定撤销一、二审判决，发回原审人民法院重审。（最高人民法院《若干意见》第211条的规定）
根据《民事诉讼法》一百七十条第二款的规定："原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。"对发回重审的次数做出了限制，避免了不断上诉的循环。
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