取保候审保证金没收程序如下所示：
1.决定没收保证金的，应当经过严格审核后，报县以上公安机关负责人批准，签发《没收保证金决定书》。决定没收保证金数额的审批权限，与决定责令犯罪嫌疑人交纳保证金数额的审批权限相同。
2.没收保证金的决定，公安机关应当在七日以内向犯罪嫌疑人宣读，并责令其在《没收保证金决定书》上签字或者盖章。
3.犯罪嫌疑人在逃的，公安机关应当在七日以内将没收保证金的决定，向犯罪嫌疑人的家属、法定代理人或者单位宣读，并要求其家属、法定代理人或者单位的负责人在《没收保证金决定书》上签字或者盖章。其家属、法定代理人或者单位负责人拒绝签字或者盖章的，公安机关应当在《没收保证金决定书》上注明。
4.公安机关决定没收犯罪嫌疑人的保证金后，应当及时通知指定银行将没收的保证金，按照国家的有关规定上交国库。
5.犯罪嫌疑人对没收保证金的决定不服的，可以在收到《没收保证金决定书》之日起的十五日以内向上一级公安机关申请复议一次。
6.上一级公安机关应当在收到复议申请书之日起的三十日以内作出复议决定。上级公安机关复议后，决定撤销或者变更没收保证金决定的，下级公安机关应当执行。
7.责令犯罪嫌疑人重新交纳保证金的，依照本规定关于责令犯罪嫌交纳保证金的程序办理。
没收取保候审保证金由县级以上的执行机关进行决定。法律明确规定，没收保证金的决定、退还保证金的决定、对保证人的罚款决定等，应当由县级以上执行机关作出，同时明确规定公安机关、人民检察院、人民法院决定取保候审的，由公安机关执行；国家安全机关决定取保候审的，以及人民检察院、人民法院在办理国家安全机关移送的犯罪案件时决定取保候审的，由国家安全机关执行。因此，没收取保候审保证金的决定，应当由县级以上的公安机关，或者县级以上的国家安全机关根据案件情况作出。
找法网提示，取保候审没收保证金的情形是违反下列情况的：
1.未经执行机关批准不得离开居住的市、县；
2.地址、工作单位和联系方式发生变化的，应当在24小时内向执行机关报告；
3.传讯时及时到案；
4.不得以任何形式干扰证人作证；
5.不得毁灭、伪造证据或者串通供应。人民法院、人民检察院、公安机关可以根据案件责令取保候审的犯罪嫌疑人。
