员工保密协议合同应包含的内容有：
（一）明确保密信息范围。
（二）明确保密主体。
（三）约定保密期限。
（四）明确双方的权利、义务。
（五）谨慎约定竞业限制条款。
（六）确定纠纷管辖机构。
《劳动合同法》第二十三条规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条规定，竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
员工违反保密协议，用人单位可以要求雇员承担违反保密协议约定的违约责任，如果保密协议中约定了违约金，则用人单位可以要求违约的雇员支付违约金。如果违约金畸高或者畸低，双方可以要求适当降低或提高。用人单位也可以选择要求雇员承担赔偿损失的侵权责任。但违约责任与侵权责任不能同时适用，用人单位只能从中选择一种。行政责任根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。刑事责任根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处３年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除３年以上７年以下有期徒刑，并处罚金。
员工和用人签订的保密协议不是终生的，保密期限由用人单位和劳动者协商确定，没有约定的，双方可以补充约定，但不能约定为终生。
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