员工被行政拘留单位可以根据公司的制度解除劳动合同。《劳动合同法》第39条第2款规定：劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。据此，用人单位在制定规章制度时，可以将劳动者违反治安管理规定并被依法限制人身自由的情形界定为“严重违反规章制度”的行为，一旦劳动者被依法限制人身自由（不包括违法犯罪事实的调查阶段）的，用人单位可以根据规定解除劳动合同。二是若规章制度未规定“劳动者被限制人身自由的，可以解除劳动合同”，那么用人单位也可在劳动者被依法限制人身自由期间中止劳动合同。劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。暂时停止履行劳动合同期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务。劳动者经证明被错误限制人身自由的，暂时停止履行劳动合同期间劳动者的损失，可由其依据要求有关部门赔偿。劳动者无论是涉嫌违法犯罪被限制人身自由期间，还是违法行为被确认而被限制人身自由期间，用人单位都可以采取暂时停止劳动合同履行的方式，即中止劳动合同。劳动合同中止期间，用人单位可以停发工资、停缴社会保险费，中止的时间也不计算为劳动者的本单位工作年限。如果劳动者被错误限制人身自由导致损失的，可以根据《国家赔偿法》要求有关部门赔偿。
劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第28条规定:劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。暂时停止履行劳动合同期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务。劳动者经证明被错误限制人身自由的，暂时停止履行劳动合同期间劳动者的损失，可由其依据《国家赔偿法》要求有关部门赔偿。因此，虽然该规定属于授权性条款，但企业有权决定是否发放或补发期内工资.当然，这要看单位内部的规章制度的规定.
拘留分为行政拘留和刑事拘留两种。如果是行政拘留，只是行政处罚。应加强对该职工的批评教育，可以不对该职工进行纪律处分；如果是刑事拘留，该职工有可能涉嫌犯罪，待法院判决后再作处理。如果是无罪判决，不做任何处理。如果是有期徒刑以下刑罚的包括管制、拘役，可以给该职工降级降职使用。如果是有期徒刑以上刑罚的，应当予以开除。单位以员工被行政拘留为由，与员工解除劳动合同是不可取的。
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