设定船舶抵押权，须向船舶登记机关办理登记，且所登记状况应允许公众查询。
由于抵押人是以其船舶担保所负债务，所以他的对被抵押船舶的处分权是受到约束和限制的。抵押权的设定经登记机关办理登记，方可对抗第三人。《海商法》如此规定是为了保护抵押权人的利益，使第三人明了抵押标的物及其担保债务的范围和数额，有效地保护第三人的合法权益。
未经登记机关登记的船舶抵押权，不得对抗第三人。设定船舶抵押权的双方所制订的书面的抵押合同，对双方当事人具有法律效力，并不以登记作为生效的条件。这里所指的抵押权登记是针对抵押权人和抵押人对第三人的效力而言的。
（一）申请书填写完整、规范，填写的内容与所附材料一致。
（二）属本海事管理机构登记管辖。
（三）材料齐全、有效。
（四）申请人身份符合规定。
（五）办理船舶所有权登记其他要求：
1.依法取得船舶所有权的证明文件齐全。
2.船舶名称经过核准。
3.对需移交档案的船舶，船舶登记档案符合相关要求。
（六）船舶所有权登记证书遗失，持证人申请补发时，由船舶登记机关在发行覆盖范围与该船航行范围相适应的官方报纸上连续3天刊登公告（费用由申请人自行承担），声明原发证书作废，最后一次公告之日起三个月予以补发，补发日期为实际签发日期。船舶所有权登记证书污损不能使用的，持证人应当向船舶登记机关申请换发。
根据《船舶登记办法》第四十七条和第四十八条的规定，20总吨以上船舶的抵押权登记，由船舶抵押人和抵押权人共同向船籍港船舶登记机关申请。申请办理船舶抵押权登记，应当提交以下材料：（一）船舶抵押合同及其主合同；（二）船舶所有权登记证书或者船舶建造合同；（三）共有船舶的，全体共同共有人或者三分之二以上份额或约定份额的按份共有人同意船舶抵押的证明文件；（四）已办理光船租赁登记的船舶，承租人同意船舶抵押的证明文件。申请办理建造中船舶抵押权登记，除提交上述第一至三项材料外，还应当提交抵押人出具的船舶未在其它登记机关办理过抵押权登记并且不存在法律、法规禁止船舶设置抵押权的声明。
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