事业单位人员是否应当纳入本法进行调整，是立法中争论比较大的一个问题。反对的意见提出，聘用合同与劳动合同有本质的区别。不应当纳入劳动合同法调整。从目前我国事业单位改革的发展趋势看，履行公共管理职能的事业单位要变成行政机关，从事经营的事业单位要回归企业，从事公共服务的如教育、卫生、文化、科研等事业单位，还要保留公共服务的职能，按照事业单位进行管理。事业单位有编制、有财政拨款，内部管理机制与企业也不一样，事业单位聘用合同在合同期限、试用期、加班费、工资、福利、保险等方面都有自己的特殊性，都与企业不同，它与国家机关比较近似。事业单位实行聘用制，只是要比公务员要有一点灵活性，但不是完全推向市场。聘用制合同与劳动合同的性质不一样，调整的手段也不一样。如果将事业单位也纳入劳动合同法管理，将比较难以处理好本法与事业单位改革和社会保障体系完善之间的衔接，并可能产生其他新的社会问题和矛盾，会引起事业单位管理的混乱，会出现不安定因素。处理事业单位的问题，应当循序渐进，把管理体制理顺后，再对事业单位人事制度进行立法。这样比较妥当。赞成将聘用合同纳入本法调整的意见认为。长期以来，我国人事制度是由政策和行政文件相结合建立起来的，调整人事关系几乎没有一个完整的法律规范性文件。1994年劳动法颁布时，企业的劳动关系由劳动法调整，对事业单位职工是参照公务员管理体制进行管理。公务员法出台后，公务员法将事业单位的工作人员排除在适用范围之外，事业单位工作人员不能参照公务员法，如果也不适用劳动合同法，那么，对事业单位人员的权利保护缺乏法律依据。聘用合同与劳动合同虽然有不同的地方，但本质上并无区别，不应存在两种合同制度，不应当两个部门管就变成两个性质的合同，将聘用合同纳入劳动合同法的适用范围，解决事业单位人员实体权利保护无法可依的局面，有利于事业单位劳动关系的法制化和规范化，有利于保护事业单位工作人员的合法权利，有利于促进我国事业单位的改革。
（一）事业单位合同一般不低于3年
与之前《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》相比，《事业单位人事管理条例》明确提出了“保障事业单位工作人员合法权益”的立法宗旨。取代之前“保护单位和职工的合法权益，促进社会稳定”的表述，具有积极意义。
同时应注意的是《条例》规范的“人事管理”关系，即通过事业单位公开招聘的纳入编制管理的职工方受《条例》管辖;对于与事业单位签订劳动合同的劳动关系职工，则不适用本条例，而应完全适用《劳动合同法》等有关规定。
事业单位与工作人员订立的聘用合同，期限一般不低于3年。洪桂彬律师认为，条例取消了原草案中“流动性较强岗位可以订立3年以下的合同”，有利于事业单位职工的职业稳定性。初次就业的工作人员与事业单位订立的聘用合同期限3年以上的，试用期为12个月。
（二）两种情形旷工单位可以解聘员工
初次就业的工作人员主要是指大学应届毕业生，要求试用期12个月。对于3年以下的聘用合同的试用期约定，由于本条例没有规定，故应按照《劳动合同法》相关规定确定（即1-6个月试用期的范围）。
对于事业单位工作人员在本单位连续工作满10年且距法定退休年龄不足10年，提出订立聘用至退休的合同的，事业单位应当与其订立聘用至退休的合同，相当于《劳动合同法》所指的“无固定期限劳动合同”。
事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位可以解除聘用合同。
此外，对于一些事业单位招考公开化程度不够规范的问题，《条例》也有硬约束，其违法行为会受到严肃处理，这对想进入事业单位就业的人员来说，无疑是一利好消息。
（三）单位或员工解除聘用合同有明文规定
《条例》第十六条规定，事业单位工作人员年度考核不合格且不同意调整工作岗位，或者连续两年年度考核不合格的，事业单位提前30日书面通知，可以解除聘用合同。洪桂彬律师指出，本条与《劳动合同法》第40条类似，所不同的是企业可以自主确定考核周期，而事业单位考核必须以年度作为单位，相当于要以不胜任解雇员工，必须要两年以上。另外，提前30天系法定义务，没有待通知金的替代措施。而事业单位工作人员提前30日书面通知事业单位，可以解除聘用合同。当然，双方对解除聘用合同另有约定的除外。
此外，符合规定情形事业单位应当向工作人员支付解除或者终止聘用合同的经济补偿。解除或者终止聘用合同的经济补偿，根据工作人员在本单位的工作年限，每满1年按1个月工资的标准向工作人员支付。工作年限6个月以上不满1年的，按1年计算;不满6个月的，向工作人员支付半个月工资的经济补偿。工作人员月工资，是指工作人员在聘用合同解除或者终止前12个月实际领取的月平均工资。
（一）事业单位工作人员参照公务员规定，不受《劳动合同法》保护。
（二）公务员的试用期是一年，但签订无限期合同而事业单位签订三年正式合同，到期续签。
（三）事业单位的工作有个特点，合同岗位不固定，会随时根据工作需要调岗，听从领导调遣。
（四）事业单位工作人员和公务员一样平时没有加班费和过节费、高温费，工资和福利待遇不如公务员，但义务相同，有时需要休息日值班。
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