（一）特别程序规定
在未成年人刑事案件中，虽然新法做了特别程序的规定，但并不完善。不管是针对未成年人，还是其他群体，既然是专门设置的特别程序，就应有其独立性和完整性。然而，从新法具体条文规定中可发现，依旧有不完善之处，缺乏系统性。对于部分其他法律条例中明确规定的成果，以及倡导的做法，修订后的刑事诉讼法并未明确体现。相关规定的具体内容太过简单，在司法解释和司法实践中存在模糊之处。比如新法第二百六十八条规定：“公安机关、人民检察院、人民法院办理未成年人刑事案件，根据情况可以对未成年犯罪嫌疑人、被告人的成长经历、犯罪原因、监护教育等情况进行调查”，只规定调查，并未强调是否形成调查报告，而此报告是裁量刑罚的重要参考依据。此外，新旧法中的某些规定存在矛盾冲突。
（二）监视居住问题
新法第七十二条规定：“人民法院、人民检察院和公安机关对符合逮捕条件，有以下情形之一的犯罪嫌疑人、被告人，可以监视居住……监视居住由公安机关执行”，主要规定了监视居住的适用条件和执行者。第七十三条则主要对执行场所做了规定：“监视居住应当在犯罪嫌疑人、被告人的住处执行……不得在羁押场所、专门的办案场所执行”。第七十四条则规定了折抵刑期。
在以上三条规定上，法律界意见不统一，存在很大争议。首先，第七十三条“无固定住处的，可以在指定的居所执行”，而“涉嫌危害国家安全犯罪、特别重大贿赂犯罪”若在住处执行，可能会影响侦查，所以经上级检察院批准后，也可在指定居所执行。问题在于该如何理解“无固定住处”，是在中国领域内，还是在侦查机关所在地，空间领域范围不明确。结合现实考虑，嫌疑犯在中国领域内没有固定住处的可能性很小，但若是按照侦查机关所在地来分析，那么非本地嫌疑犯可能都符合条件。关于特别重大贿赂犯罪，新法中也没有明确的标准限制。其次，按照第七十二条的规定，需先判断是否达到逮捕条件，这是司法机关的一项监督权，检察院要先利用手中的证据分析嫌疑人是否构成犯罪，然后判断构成何罪，最后决定是否具有逮捕的必要性。但此条规定中，公安机关可自行判断。如此一来，其实就躲避了检察机关的监督，可能会出现公安机关滥用权力的现象。
（三）庭前会议制度
新法增设有庭前会议制度，主要考虑的是庭审程序太过激烈，可能会出现各种意外，影响庭审效率和最终结果，所以设置庭前会议制度加以缓冲。在这个过程中，会对庭审重点以及审理方式等内容加以强调，进而确保庭审工作顺利开展。自新法实施以来，震惊全国的刘志军案、薄熙来案等重大案件均经过了庭前会议环节。但就整体而言，由于法律效力、审议范围等原因，庭前会议数量并不多，在起诉案件中只占很小的比例。
首先，庭前会议审议范围不够明确，以至于某些地方出现重复开庭的情况，造成明显的资源浪费。部分地方没有真正理解庭前会议的内涵，没有抓住其工作重点，而是在此环节就展开实际调查、取证，把正式开庭后的事情提前完成，然后再度开庭，一方面重复开庭，另一方面破坏了诉讼程序。所以，司法机关应该明确指出庭前会议阶段的审议范围，比如限制在证人出庭名单、证据掌握情况等范围内。
其次，庭前会议起不到应有的作用。很多案件中，庭前会议环节虽达成合议，但在之后的正式庭审中则轻易被推翻，庭前会议几乎等同于虚设，毫无法律效力，必然会影响到庭审质量。所以，笔者建议：庭前解决非法证据排除问题，确认为非法证据后，不得再用于提起公诉的依据;若庭前会议中，司法机关已经依法对某项程序性问题做出决定，没有足够的新证据时，不得随意更改。
（四）律师执业权利
首先，律师在实行会见权时存在障碍。旧版《刑事诉讼法》中明确规定，只要不涉及国家秘密，律师不需要经过批准便可会见犯罪嫌疑人。但在具体执行时，看守所则又有新的限制，必须有公安机关开具的证明，这就导致公安机关掌握了“太大”的权力。也就是说，如果公安机关无意让律师会见嫌疑犯，就可以找出很多借口不开证明，如此一来，律师则不能行驶自己的会见权。新法中规定，律师在侦查开始时便可以介入案件，而且除了一些重大案件需要经过侦查机关批准，在其他案件上，律师只需持有执业证书，以及律师事务所的证明等相关文件，便可自由要求会见嫌疑犯。然而，虽然法律制度如此规定，但在具体执行中，依然难以落实，除了规定的证书文件，往往还被要求出示公安机关的立案通知书。换言之，公安机关又拥有实际决定的权力，将犯罪嫌疑人拘留后，以需要进一步侦查为借口，不予立案，也不会开具立案通知书，则律师就不能与嫌疑犯会见。而至于何时立案、何时才能开具立案通知书，权力还在公安机关。
其次，开庭审理前，律师不具备完整阅卷权，只能查阅部分证据材料。按照旧法中第三十六条明确规定，只有人民法院受理案件后，律师才能完整查阅所有资料。然而第一百五十条条规定，若案件由人民检察院提起公诉，只需把证据目录和主要证据的复印件递交人民法院即可。这就导致公诉机关极易将部分证据排除在外，甚至递交给人民法院的并非主要证据，以至于律师根本无法阅读完整的证据资料。当律师持有新证据需要申请准备辩护的时间时，若没有通过，显然其辩护效果会大大削弱。新法第一百八十一条看似做了调整，然而在司法实践中，很多案件还是依照的旧法。
（五）非法证据排除问题
与旧版《刑事诉讼法》相比，2012年修改后的新法修正、增加了许多内容，比如防止冤假错案的非法证据排除制度。呼格吉勒图案是近两年引起社会广泛关注的一件大案，揭露了我国现行法律存在的巨大弊端。而非法证据排除制度则是针对此类案件的进步之处，2014年河北王玉雷故意杀人案中，王玉雷被误认为是凶手。检察机关根据发现的疑点，抽丝剥茧，坚决认为王玉雷应该无罪，同时加大侦查力度，最终真凶落网，避免了呼格案的悲剧。
可见，非法证据排除制度能够起到很大的作用，然而在具体落实过程中，仍然存在争议，焦点在于非法证据排除的范围如何界定。若是采取刑讯逼供手段，进而获得嫌犯证据，此类证据应当在排除之列，没有太大的疑问;但依靠“冻、饿、晒、烤、疲劳审讯”等手段获取的证据是否该予以排除则争议很大。另外，正常侦查时难免会使用一些引诱策略，这与“引诱、欺骗、威胁”等手段该如何区分也无定论。这些争议很容易导致两个极端出现，要么排除过宽，要么排除过严。
借鉴西方国家在此方面的经验，它们至少经过一个世纪才逐渐成熟，而我国显然立法时间较短，加上现实社会中复杂的犯罪形势，该制度的彻底落实有着很大难度。国内目前的侦查水平并不理想，如果非法证据排除范围过大，极易导致出现大量尚未侦破的案件，对社会安定极为不利。
（六）讯问同步录音录像问题
新法考虑到可能会出现刑讯逼供的情况，会破坏侦查的合法性，所以增设有讯问同步录音录像制度。表面看起来没有问题，然而具体执行时依然有很大争议，主要是录音录像的性质问题。笔者认为，讯问同步录音录像不仅记载着与犯罪事实有直接关联的犯罪嫌疑人的口供，还记载着侦查人员讯问是否合法的内容。在证明案件事实时，它和笔录一样是犯罪嫌疑人口供的载体;在证明讯问的合法性时，它又是一种视听资料。虽然如此，但在现有法律框架内，讯问同步录音录像本身不能作为证明犯罪事实的证据，而以工作性资料对待是适宜的。出庭时，笔录仍是举证质证的法定证据，但当被告人或辩护律师对讯问笔录提出异议或提出讯问过程可能存在刑讯逼供时，录音录像可以作为证明证据合法性的证据使用。一方面，录音录像制度主要是为了规范侦查行为，只是作为一种辅助手段;另一方面，笔录是犯罪嫌疑人供述内容的法定载体，而且笔录较为简练、效率高，而录音录像则需要很长时间，可操作性上有很大难度。
刑事诉讼法是公法，刑事诉讼法是规定犯罪与刑罚的法律规范的总和，刑事诉讼法的属性就是程序法、公法、基本法。
（一）管辖
公安机关侦查刑事案件涉及人民检察院管辖的贪污贿赂案件时，应当将贪污贿赂案件移送人民检察院；人民检察院侦查贪污贿赂案件涉及公安机关管辖的刑事案件，应当将属于公安机关管辖的刑事案件移送公安机关。在上述情况中，如果涉嫌主罪属于公安机关管辖，由公安机关为主侦查，人民检察院予以配合；如果涉嫌主罪属于人民检察院管辖，由人民检察院为主侦查，公安机关予以配合。
（二）辩护与代理
人民法院、人民检察院、公安机关、国家安全机关、监狱的现职人员，人民陪审员，外国人或者无国籍人，以及与本案有利害关系的人，不得担任辩护人。但是，上述人员系犯罪嫌疑人、被告人的监护人或者近亲属，犯罪嫌疑人、被告人委托其担任辩护人的，可以准许。无行为能力或者限制行为能力的人，不得担任辩护人。
（三）证据
刑事诉讼法第五十六条第一款规定:“法庭审理过程中，审判人员认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，应当对证据收集的合法性进行法庭调查。”法庭经对当事人及其辩护人、诉讼代理人提供的相关线索或者材料进行审查后，认为可能存在刑事诉讼法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，应当对证据收集的合法性进行法庭调查。法庭调查的顺序由法庭根据案件审理情况确定。
（四）立案
刑事诉讼法第一百一十一条规定:“人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。”根据上述规定，公安机关收到人民检察院要求说明不立案理由通知书后，应当在七日内将说明情况书面答复人民检察院。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立，发出通知立案书时，应当将有关证明应当立案的材料同时移送公安机关。公安机关收到通知立案书后，应当在十五日内决定立案，并将立案决定书送达人民检察院。
（五）审判
刑事诉讼法第一百八十一条规定:“人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实的，应当决定开庭审判。”对于人民检察院提起公诉的案件，人民法院都应当受理。人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有案卷材料、证据的，应当决定开庭审判，不得以上述材料不充足为由而不开庭审判。如果人民检察院移送的材料中缺少上述材料的，人民法院可以通知人民检察院补充材料，人民检察院应当自收到通知之日起三日内补送。
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