（一）概念上的不同
公诉意见书是在人民检察院对刑事被告人提出起诉书的基础上，全面地揭露被告人的犯罪行为，证实被告人的犯罪行为，分析犯罪行为的性质、后果和对社会的危害，阐明为什么追究被告人的刑事责任。对检察院提起的起诉进行补充和阐发，从而进一步在事实上、证据上、法律上揭露被告人的犯罪行为。公安机关或检察机关对案件侦查终结后，认为犯罪嫌疑人涉嫌犯罪事实清楚、证据确实充分，应当追究其刑事责任，依照法律规定制作的、向同级人民检察院或本院公诉部门移送审查时制作的书面文件。起诉意见书是法律应用写作中常用的文种。依法制作的起诉意见书具有区别罪与非区别罪，保障是犯罪人受到法律追究的重要作用。
（二）写作方法不一样
1、公诉意见书
公诉意见书应包括以下五项内容：
（1）对法庭调查的简要概括。
（2）进行证据分析，认定被告人的罪行。
（3）进行案情分析，概括案情的全貌，揭露被告人犯罪的社会危害性。
（4）分析被告人犯罪的思想根源和社会根源。
（5）进行法律上的论证，指明被告人触犯的刑法条款，阐明被告人应负的法律责任。
2、起诉意见书
（1）首部包括制作机关、文书名称、文书编号、犯罪嫌疑人基本情况和涉嫌罪名、案件来源、侦察过程中各个法律程序开始的时间以及犯罪嫌疑人归案的情况。
（2）正文包括公安机关依法查清的犯罪事实，证明上述事实的证据，写明案件的有关情节以及制作起诉意见书的理由。
（3）尾部写明拟移送的检察院的名称或本院公诉部门、制作文书的日期，并加盖公安局局长和公安局印章或检察机关自侦部门公章。
（4）附项写明移送卷宗的情况、犯罪嫌疑人现在的处所、随案移送的物品、被告人是否已提出附带民事诉讼。
起诉意见书是检察院的重要法律文书，是不能给家属看，也不能给犯罪嫌疑人看的。道理很简单，因为刑事诉讼法没有规定把起诉意见书送达给犯罪嫌疑人，只规定了在审判阶段把起诉书送达给被告人。
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