（一）性质不同。税务行政复议是属于行政机关的行政活动，税务行政诉讼是属于司法机关的司法活动。
（二）管辖机关不同。税务行政复议原则上由原处理机关的上一级税务机关或本级人民政府管辖;而税务行政诉讼则由人民法院管辖。
（三）审理方式和程序不同。人民法院审理税务行政案件实行合议、回避、公开审判、两审终审和辩论制度;而税务复议机关审查税务复议案件以书面审查为原则（必要时才采取其他方式），且实行一级复议制度。
（四）效力不同。人民法院对税务行政案件的判决和裁定具有终局性，当事人对裁决和裁定不服只能进行申诉，且申诉不影响法院裁决的执行力;税务行政复议则不同，除国务院所作的裁决外，其他复议机关所作的税务行政复议决定不具有终局性，申请人对复议决定不服可向人民法院提起诉讼。
行政诉讼是个人、法人或其他组织认为行政主体以及法律法规授权的组织作出的行政行为侵犯其合法权益而向法院提起的诉讼。行政诉讼是诉讼的一种有效方法。
行政诉讼法是规范行政诉讼活动和诉讼法律关系的法律规范的总称。它是规定人民法院、诉讼当事人以及其他诉讼参与人进行诉讼活动，及其在诉讼活动中形成的诉讼法律关系的法律规范。行政诉讼是一种诉讼程序法，主要是确定诉讼参加人的法律地位和相互关系的法律规范。
从学理上说，行政诉讼法有狭义和广义两种理解：狭义上的行政诉讼法也称形式意义上的行政诉讼法，特指由国家立法机关依据立法程序所制定的具有专门、完整法律形式的行政诉讼法典，通常被称为“民告官”。广义的行政诉讼法也称实质意义的行政诉讼法，是指凡是在内容上属于规定行政诉讼问题的法律规范，无论其形式如何均属于行政诉讼法的范围。
根据《行政诉讼法》、《行政复议法》和《征管法》的规定，税务行政诉讼起诉与税务行政复议的关系有以下几种情况：
（一）必经复议，即未经复议不能向人民法院起诉。因征税问题发生争议，行政相对人必须先申请税务行政复议，否则不得向人民法院起诉。
（二）选择复议，即税务行政相对人既可以向税务机关申请复议，也可以直接向人民法院起诉。非因征税问题发生的税务争议均适用选择诉讼。
（三）复议机关终局裁决，即行政相对人在税务行政复议机关作出复议决定后，不得向人民法院提起行政诉讼。税务行政复议机关一般无权作出终局裁决，只有一种情况例外：根据《行政复议法》的规定，对国家税务总局作出的具体行政行为不服的，行政相对人只能向国家税务总局申请复议。对国家税务总局作出的复议决定不服的，申请人可以向法院起诉，也可以向国务院申请裁决，但国务院的裁决是终局裁决。
为防止行政机关办事拖拉、不讲效率，同时也为了保护行政相对人的合法权益，法律规定，自法定复议期限届满之日起，无论税务机关是否正在复议，当事人均可向人民法院提起诉讼。
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