（一）超长超期羁押是一种违法行为，根据刑事诉讼法和六机关《规定》的规定，遇有下列情况不计入原有侦查羁押期限，即重新计算羁押期限：
1、在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第124条的规定重新计算侦查羁押期限。重新计算侦查羁押期限的，由公安机关决定，无需人民检察院批准，但须报人民检察院备案。
2、犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的，也可以按其自报的姓名移送人民检察院审查起诉。
3、对被羁押的犯罪嫌疑人作精神病鉴定的时间，不计入侦查羁押期限。其他鉴定时间则应当计入羁押期限。
对于超期羁押的案件，根据我国《刑事诉讼法》第75条的规定：“犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。人民法院、人民检察院或者公安机关对于被采取强制措施超过法定期限的犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。”因此，可以根据上述法律规定行使权利，可向人民检察院申诉，也可向上一级公、检、法或人大监督机关申诉，要求撤销或变更强制措施，监督改正，以维护合法权益不受侵害。
（一）传统的办案方式和传统诉讼价值观根深蒂固，是造成超期羁押的思想根源。在中国古代无超期羁押的概念，封建法律统治者随意羁押违规者。现在，有的办案人员在遇到新情况、新问题时，凭感觉、按习惯、照经验、陷入“以押代审”的怪圈之中，超期羁押现象在所难免。还有办案人员对刑法和刑事诉讼法之间的关系认识不清，价值取向错误，“重实体、轻程序”，只要所收集的证据足以追究犯罪嫌疑人的刑事责任，不受时间所限制，随意延长羁押期限。
（二）办案人员业务素质低，无时效意识或意识差，是造成超期羁押的主要原因。有些办案人员，对出现的超期羁押情况，往往以案件复杂、证据收集工作量大、难度大、耗时间长等“客观原因”来掩饰和回避。说到底，这是办案人员业务素质低、责任不强、执法水平不高的表现，执法随意性大，不会灵活运用取保候审、监视居住等强制措施，把羁押作为唯一的法律手段来运用。
（三）缺乏相应惩诫制度，是超期羁押难以杜绝和根除的重要原因。刑事诉讼法及相关立法、司法解释没有关于超期羁押所带来刑事诉讼方面法律后果的规定，对造成超期羁押的办案人员更无明确的法律约束，更无一条具体、明确的对造成超期羁押负责的人员在行政法律、执法责任、法律后果方面的规定。相关规定在这方面的欠缺，就会使素质低、办案能力差、无责任心的办案人员有令不行、有禁不止。
（四）与当前的执法环境也有关系。目前普遍的办案观念是“重实体、轻程序”，办案人员心里认为是在追求实体的正义，并无私心报复，更无侵犯他人人权意识，因此在内心并没有遣责感。有的认为，只要刑事程序的结果没有错误，诉讼活动过程不可太计较，这种观念不可避免会在办案中出现超期羁押。有的政法机关给基层单位下打击犯罪嫌疑人、被告人指标，罚没款指标等，使基层办案人员疲于应付，一此案件因片面追求罚没款、保证金而超期羁押犯罪嫌疑人、被告人。
（五）公、检、法部门在刑事诉讼衔接上配合不够，是造成超期羁押又一原因。根据刑事诉法规定，不
同性质和不同诉讼程序的刑事案件由不同的司法机关管辖，办理具体案件还要具体到办案部门人员。这些办案部门和人员之间不可避免地存在着执法尺度和执法水平的差异，以及相互间衔接配合问题，虽然法律中对办理案件的程序和期限都作了严格的规定，但实际工作中还发生个别违反规定和案件移交衔接脱节的问题，以至出现超期羁押。
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