增值税专用发票是我国为了推行新的增值税制度而使用的新型发票，与日常经营过程中所使用的普通发票相比，有如下区别：
（一）发票的印制要求不同：根据新的《税收征管法》的相关内容规定：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制;其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
（二）发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开;普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
（三）发票的内容不同：增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
（四）发票的联次不同：增值税专用发票有四个联次和七个联次两种，第一联为存根联（用于留存备查），第二联为发票联（用于购买方记账），第三联为抵扣联（用作购买方扣税凭证），第四联为记账联（用于销售方记账），七联次的其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用;普通发票则只有三联，第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联。
（五）发票的作用不同：增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且可以用作购买方扣除增值税的凭证;而普通发票除运费、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
增值税专用发票有效期是180天。
（一）国家税务总局发布了《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》，决定自2010年1月1日起，调整增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天延长至180天；增值税专用发票如果没有开具，就没有有效期限，如果已经开具，有效期为180天，180天内可以进行红冲等操作，超过180天不能进行任何操作；
（二）增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，增值税一般纳税人，在收到增值税专用发票后，在发票开具日期起180天之内认证，可以抵扣进项税，当期够抵扣不完的，可以留抵。留抵没有期限规定，只要企业持续经营，就能在以后各期抵扣。
《中华人民共和国发票管理办法》的相关内容规定：使用发票的单位和个人应当妥善保管发票、不得丢失。发票丢失，应于丢失当日书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。”此外还需;（一）丢失发票的消费者到销货单位取得该份发票存根联复印件（加盖销货单位发票专用章或财务专用章）。（二）到销货方所在地主管税务机关盖章确认并登记备案。（三）由销货单位重新开具与原销货发票存根联内容一致的销货发票。
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