农村自建房在办理房产证的过程当中会产生以下手续费：
办理房产证的登记费，一般情况下是每套住宅80元，如果不是住宅的每一套550元，然后还有测绘费，测绘费的费用是与住宅面积有关，面积越大所产生的费用也就越高，目前测绘费是按照住宅面积每平方米1.3元来收取的，如果不是住宅区的每平米两元。
根据《房屋登记办法》的规定，合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书;
（二）申请人的身份证明;
（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明;
（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图;
（六）其他必要材料。
另外，申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
所以，想要办理农村房产证的，首先需要准备好以上的材料。对于材料不是很清楚的，可以去当地房屋管理部门简单咨询一下。
（一）建房户向村委会提出建房申请;
（二）村委会审核同意，签字盖章;
（三）向乡乡建办提出申请;
（四）乡建办工作人员实地踏勘，同意建房;
（五）到乡乡建办领取房屋建设申请表;
（六）经乡建办签字同意;
（七）乡主管领导签字盖章，核实同意;
（八）交县规划建设局审批（县行政服务中心）;
（九）领取房屋产权证。
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