（一）查明事实阶段
即查清违章建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行政法律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。对已经查处的按查处的结论办理，对未经查处的，进入下阶段。
（二）处理和处罚阶段
第一步按时间分类分流。
第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。
第三步，作出处理或处罚决定。 然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段;对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。
（三）补办手续阶段
对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。需要特别说明的是：无论当事人是否补办了手续，其对建筑物的相应权利已得到有权行政机关的认可，故当事人享有相应的物权，从而成为拆迁法律关系的当事人，其享有被拆迁人的权利，并承担相应的义务。当事人在补办手续后进入签定安置补偿协议阶段;当事人不补办手续的，可经拆迁人申请，进入行政裁决阶段。
（四）签定安置补偿协议阶段
在此阶段，由拆迁双方自行确定安置补偿方案。对协商不成的，经一方当事人申请可进入行政裁决阶段;对达成协议后，被拆迁人拒不履行的，经拆迁人申请，可进入强制拆迁阶段，由人民法院依法强制执行。
（五）行政裁决阶段
对拆迁当事人经协商未能达协议，经一方当事人的申请行政裁决的，行政机关应予受理。行政机关在受理后，应及时将申请人的申请书及证据发送给对方当事人，并告知其权利与义务。行政机关在查明事实的基础上，在法定期限内就安置补偿作出行政裁决决定，并明确当事人搬迁的期限。
（六）强制执行阶段
对于被拆迁人（即违章建筑的当事人）不履行安置补偿协议或安置补偿裁决的，经申请，可由人民法院依民事司法强制执行程序或行政司法强制执行程序强制执行，亦可由人民政府责成相关行政部门组织行政强制拆迁，强制被拆迁人搬迁，并拆除其建筑物等。
《城市房屋权属登记管理办法》 第二十三条有下列情形之一的，登记机关应当作出不予登记的决定：
（一）属于违章建筑的;
（二）属于临时建筑的;
（三）法律、法规规定的其他情形。
农村违章建筑新规如下：
（一）农村的宅基地只能是一户一宅，如果出现一户多宅的情况，那么多出来的宅基地是要回收的。但是，如果农民有不止一处的宅基地，但这些宅基地面积的总和加起来还不到当地宅基地面积的标准的话，那这种情况也是合法的，在宅基地上盖得房子也不用拆除，农民也可以继续住。
（二）按照国家的法律规定在非户口建房的农民，他们的宅基地也不会回收和拆除，尽管他们不是本村的人，但是其盖房也符合国家的要求，那就是合法的。
（三）还有就是多占了宅基地，比如说，当初批准当事人的是100平方米，但当事人自己建了150平方米，那么多出来的50平方米就不能进行确权，只能确权100平方米，多余的50平方米在证书上记录。这多出的50平方米有的地方采取有偿使用的政策，但之后等当事人下次重建的时候就要退回来。违法建筑是指未经规划土地主管部门批准，未领取建设工程规划许可证或临时建设工程规划许可证，擅自建筑的建筑物和构筑物。根据城乡规划法的规定，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。我国法律明确规定，拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿。
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