关于股权确认的标准应区分内部关系和外部关系，分别予以对待。第一、外部关系：股东与第三人股权确认：应着重审查工商登记的内容。工商登记具有善意第三人宣示股东资格的证权功能。第二、内部关系：1、公司与股东间股权确认：应着重审查股东名册的记载。股东名册具有推定效力，即在没有相反证据时，股东名册就是股东资格证明。如实质上股权人虽未被记载于股东名册，但其已在公司实际享有股东权利，或其他股东对其身份予以认可的，其股东身份亦应予以被确认。2、股东间股权确认时:一般应审查出资证明、股东会决议等股东实际投资及股东间关于股权安排的真实意思表示等相关事实。根据《公司法》第二十八条第二款的规定可知，出资并不是股权确认的依据。因此在涉及股东间内部关系时，应着重审查股东会决议等股东间关于股权问题的真实意思表示，或者根据股东实际享有股东权利、参与公司经营管理等事实行为推定出股东间关于股权问题的意思表示。
公司股权确认纠纷是指公司股东、公司之外的第三人之间对公司的股东资格身份和持股比例产生争议，从而要求人民法院对公司上述争议进行裁判而发生的纠纷。
依照我国公司法规定，成立公司应由股东签订协议，足额出资，经工商部门批准登记，才能说在法律上是有效的，因此，在设立公司的过程中会有许多法律文件对公司的股东身份、持股比例进行明确，成为公司股权确认的主要证据，如公司股东发起人协议、公司章程、出资证明书、股东会会议纪要、公司经营过程中形成的决议文件、公司股东名册、工商部门登记文件等，这些都可作为判断是否享有公司股权的证据。
至于司法裁判标准，也从过去只以工商部门登记文件为准的原则过渡到现今的内外有别的原则，也就是说在审查标准上不再一律以工商部门登记中注明的股东作为确认股权归属的标准，而是从形式上的审查到实质上的认定，如果公司的股权确认不牵涉纠纷当事人、公司之外的第三人，法院会对上述证据进行综合判断，再根据案查明的事实作出裁判;如果牵涉第三人，则会从维护社会交易稳定和公平原则出发，以工商登记部门的文件为准作出判决以维护第三人的合理信赖利益。
涉及公司与股东的，以股东名册为准，上面登记的股东可向公司主张权利，即在没有相反证据时，股东名册就是股东资格的证明。实质上的权利人在尚未完成股东名册登记或者名义变更前，不能向公司主张股东权利。
涉及股东间关系时，股权确认一般应审查出资证明、股东会决议等股东实际投资及股东间关于股权安排的真实意思表示等相关事实。
当事人向法院起诉请求确认其股东资格的，应以公司为被告，诉讼主体为股东与公司，与案件争议股权有利害关系的人列为第三人参加诉讼；股东之间、股东与公司以外的第三人之间就股东资格存在争议的，应将争议双方列为诉讼主体，必要时公司也可作为当事人参加诉讼。另外，依据我国现行相关政策的规定，职工股东具有实际股东的地位，但需要通过股东代表、职工持股会、工会间接行使权利，与职工持股会之间是代持股的关系。
因此，职工股东仅是职工持股会的成员，而非公司的股东。故职工股东无权请求确认其具有公司的股东资格，或者向公司请求收回其出资。对于出资不实的赔偿责任，公司债权人可将实际出资人与名义股东列为共同被告，法院可根据案情判决双方承担连带责任。但名义股东有充分证据证明自己系被他人冒名为股东的，不予承担责任。
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