医疗事故纠纷鉴定的申请程序，有三种方式，包括：医患双方共同委托鉴定、卫生行政部门组织鉴定和法院指定鉴定。
（一）医患双方共同委托鉴定的
如果医患双方在治疗过程中，发生医疗纠纷的，并且协商一致，通过医疗事故鉴定，来确定是否构成医疗事故、构成何种等级的医疗事故、医疗事故赔偿数额的。通过医疗事故鉴定来解决医疗纠纷的，可以由医疗纠纷双方当事人共同委托当地医学会组织医疗事故鉴定。按照《医疗事故处理条例》规定，医疗事故鉴定的组织，是由医疗纠纷发生地的卫生行政部门主管。卫生行政部门下属的医学会，专门设有医学会，该委员会是负责医疗事故技术鉴定工作的。
（二）卫生行政部门组织鉴定的
如果当地的卫生行政部门，接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告，或者医疗事故争议当事人，要求处理医疗事故争议的申请后，卫生行政部门认为需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。当地卫生行政部门启动医疗事故鉴定的程序医疗卫生行政主管部门接到下属的医疗机构的报告组织的鉴定；或者是患者及其家属单方面要求卫生行政主管部门组织医疗事故鉴定，并且得到许可的情况下方可以启动。
（三）法院要求鉴定的
根据中国诉讼法的相关规定，如果在医疗纠纷诉讼中，医疗机构和患者及其家属都没有提出医疗事故鉴定申请的，而主审法官认为有必要做事故纠纷的，那么法官自己也可以提出医疗事故鉴定的要求，启动医疗事故鉴定程序。
该鉴定程序在设定上是有其特殊性的，与其说是医患双方当事人的一个诉讼权利，不如说是法律给了法官的一项权利。使法官在医疗纠纷诉讼程序中，可以更好的驾驭庭审程序，给法官的裁判提供法律依据。法院要求医疗事故鉴定的，不需要医疗事故纠纷双方当事人的申请，也不存在当地医学会是否受理的问题，只要庭审法官认为必要的，就可以启动医疗事故鉴定程序。
对于医疗事故鉴定需要的费用，法律没有明确的规定，具体按照国家有关规定执行。申请鉴定人也可询问司法鉴定机构的工作人员。鉴定费用一般会在司法鉴定委托书中注明。
卫生部公布的《医疗事故技术鉴定暂行办法》中规定由双方当事人随机抽取专家库中的专家参加鉴定，专家鉴定组组成人数应为3人以上单数，在确定专家鉴定组成员后，于双方当事人在场的情况下，由医学会对封存的病历资料启封。
医学会对当事人准备抽取的专家进行随机编号，并主持双方当事人随机抽取相同数量的专家编号，最后一个专家由医学会随机抽取。随机抽取结束后，专家鉴定组成员的编号由医学会向双方当事人当场公布，并记录在案。
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