我国目前的法规和政策是不允许农民房买卖的，除非是同一集体组织的村民。因此，农民房买卖会存在很大的法律风险，主要有：
（一）房产可能是违法建筑。
村民建造农民房应当办理相应的证书，深圳常见的是“两证一书”，即建房土地使用证、建筑许可证和居民兴建住宅用地批准通知书。现在关外买卖的农民房，有些是村民私下抢建的，根本没有合法建造的手续。
在实践中，还有村民和合作方使用早已过期的证书、或者是超过证书规定面积私下加建的，这些都属于违法建筑。如果是违法建筑，这种风险非常大，可能被政府强制拆除，将来拆迁，政府也可能不给予补偿。如果该房屋能够办理房产证书（绿本），表明政府对产权人的权利是认可的，一般不会是违法建筑。
（二）农民房无法过户，不能将房产证办至买房人的名下。
即使买房人签了购房合同付完房款，并且实际搬迁进去一直居住，但按照目前国土局的作法，这种房产不能办理房产过户手续。农民房买卖的现象在深圳特别是关外还比较多，只要原先的买房人没有异议，买房人也可以一直居住下去。根据我国法律的规定，不动产物权以登记为准，由于农民房没法过户，因此，即使买房一直在居住，但这个房产其实一直是原建房人的房产。
（三）房产买卖合同可能会被认定为无效。
理由是农民房转让必然导致宅基地使用权的转让，而宅基地使用权交易是法律所禁止的。关于农民房买卖合同是否有效的问题，这个在理论上还有不同看法，有认为有效的，也有认为无效的。
（一）不要涂改宅基地使用证书，也不要相信村民委员会在涂改后的宅基地使用证书上加盖公章后涂改就成为有效的。宅基地使用证书，不是证明你对所购农村房屋享有所有权所必需的。
宅基地使用证书是当地区、县（自治县）、或市人民政府土地管理部门颁发的，只有当地区、县（自治县）、或市人民政府土地管理部门对宅基地使用证书的涂改才是有效的。他人涂改宅基地使用证书是违法的，而且，有可能构成犯罪。
当然，最好能让当地区、县（自治县）、或市人民政府土地管理部门在原宅基地使用证书上改成你的名字或者给你颁发新的宅基地使用证书;如果不能，不必强求。因为从登记制度的设定目的来看，登记的作用在于公示，即世人周知该权利的存在。登记是房屋所有权的变动宣示，而非房屋买卖合同，不是房屋买卖合同所形成的法律关系必须要件，没有办理过户登记并不影响房屋买卖合同的效力。
（二）如果你打算在购买农村房屋以后进行翻建，你只能在原建筑宅基地占地面积范围内翻建，不能扩建到附近耕地面积范围。如果扩建需要占用耕地、田地面积，则需经过相关部门审批，如果未经审批就增加建筑占地面积，则增加的部分就是非法建筑。
农村房屋买卖有效必须符合下列四个条件：1、购房者主体资格合法。农村的宅基地属于农村集体成员所有，因此购房人必须是该村的集体成员，城市居民不具备购买农村房屋的主体资格。2、售房者的主体资格合格。即卖房人必须对该房屋拥有完全产权，如果该处房屋为对多人共有，其中的共有人一方单方面处分房屋的，并不能使房屋买卖有效。3、购房者应当符合申请宅基地的条件。因为土地管理法规定一户只能有一处宅基地，已有宅基地的村民不得再申请宅基地，购房者如不符合此条件将导致购房合同无效。4、买卖经过村民委员会同意。这是必经程序，农村集体经济组织有权对这种物权作出实质性处分。《中华人民共和国土地管理法》规定农村宅基地属农民集体经济组织所有，只有该组织成员才享有宅基地使用权;农村村民一户只能拥有一处宅基地;农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的不予批准。在此建议对于买卖农村房屋一定要慎重。
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